ביומו הראשון בתפקיד, בולסונארו שם למטרה את העמים הילידיים של ברזיל
בהחלטה שמבהילה את השבטים באמזונס ואת ארגוני הסביבה, אישר הנשיא החדש צו שמעביר את האחריות על אדמותיהם של הילידים למשרד החקלאות. איש הימין הקיצוני רוצה לפתוח את יערות הגשם לפעילות מסחרית. הוא אף העביר צו להגבלת פעילות ארגונים לא ממשלתיים