בתשובתו לבג"ץ הודיע שר המדע יזהר שי כי אישר את מינוי פרופ' יעל אמיתי למועצת הנגידים של קרן גרמניה-ישראל למחקר ולפיתוח מדעי. ההחלטה מנוגדת לזו שקיבל קודמו, מאחר שאמתי חתמה על עצומה בה הביעה תמיכה בסרבנות
בית המשפט קבע כי יש לדון מחדש בהחלטת שר המדע שלא למנות את פרופ' יעל אמיתי למועצת נגידי קרן למחקר ופיתוח, לאחר שתמכה בעבר בסרבנות לשרת בשטחים. אקוניס ציין בעבר כי הטעם היחיד לביטול המנוי היה חתימתה על העצומה
היועמ"ש מתנגד לעמדת שר המדע, שסירב למנות את פרופ' יעל אמיתי אך ורק משום שהביעה ב-2002 תמיכה בסרבנות. באופן חריג, השופטים אישרו לשר לייצג את עצמו, והוציאו צו המורה לו להגיש את עמדתו לקראת הדיון בחודש הבא
